Comment booster son microbiote ? 4 menus à adopter

Longtemps appelé “flore”, le microbiote intestinal désigne l’ensemble des micro-organismes présents dans le tube digestif et particulièrement concentrés au niveau du côlon. Il regroupe des virus, des levures (champignons) et surtout des bactéries, environ 10.000 milliards. Lorsqu’il est abondant et diversifié, il travaille pour nous : il digère des nutriments ayant échappé aux enzymes digestives, booste les défenses immunitaires, produit des vitamines B et K et de multiples substances utiles à l’organisme, comme le butyrate, qui active le transit et protège du cancer du côlon. Mais s’il se déséquilibre, il peut contribuer au développement ou entretenir des affections comme l’obésité, le diabète de type 2, les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin, la dépression… Sa composition est différente pour chaque individu, elle est en partie déterminée par des facteurs génétiques, mais l’alimentation joue un rôle prépondérant.

Qu'est ce qui détermine notre microbiote ?

Les mille premiers jours sont essentiels dans la formation du microbiote, et plusieurs facteurs y concourent. L’accouchement par voie basse est bénéfique car le bébé est exposé à la flore vaginale et fécale de la mère, riche en micro-organismes, qui se mettent à peupler ses intestins. L’allaitement est intéressant car le lait maternel contient des prébiotiques et des probiotiques. La diversification alimentaire joue également : plus elle est variée avec des fruits et légumes riches en fibres, et mieux c’est. Des études ont également montré que les enfants élevés à la campagne, dans un milieu moins aseptisé et au contact d’animaux, avaient un microbiote plus fort, et qu’à l’inverse une exposition précoce et répétée aux antibiotiques pouvait le déséquilibrer. A l’âge adulte, il évolue encore selon l’alimentation, le stress, l’activité physique ou la prise de médicaments.

Menu 1 : coup de pouce minceur

Maquereau au citron et riz sauvage : maquereau frais cuit au four sur lit de rondelles de citron, servi avec 4 à 5 cuil. à soupe de riz sauvage.

Les maquereaux sont riches en oméga 3 EPA et DHA, très prisés par les bactéries qui régulent l’appétit et limitent le stockage des graisses. Le riz sauvage apporte 3 fois plus de fibres que le riz blanc.

Salade frisée à l’oignon rouge : assaisonnée d’huile d’olive vierge.

Frisée et oignon sont des sources d’inuline, une fibre qui réduit l’index glycémique des repas et qui est très facilement assimilée par les bonnes bactéries du microbiote. L’oignon rouge et l’huile d’olive non raffinée leur fournissent un cocktail de polyphénols.

Smoothie de kéfir à la banane : 10 cl de kéfir de lait mixé avec 1 banane et ½ cuil. à café de graines de chia.

Le kéfir, qui contient une levure et cinq bactéries que l’on ne trouve pas dans les yaourts, est parfait pour diversifier le microbiote. La banane apporte de l’inuline et les graines de chia d’autres fibres.

Menu 2 : booster le transit

Salade de betterave lacto-fermentée aux noix : betterave lacto-fermentée du commerce, assaisonnée d’huile de noix vierge et agrémentée de cerneaux de noix.

La betterave lacto-fermentée fournit des lactobacilles et des polyphénols bien assimilables. Les noix et l’huile de noix non raffinée sont de bonnes sources d’oméga 3 et de polyphénols. Les noix renforcent l’apport de fibres.

Galette de sarrasin artichaut et bûche de chèvre : galette de sarrasin garnie de cœur d’artichaut braisé à l’huile d’olive et de rondelles de chèvre.

Le sarrasin contient des bêta-glucanes, des fibres dont raffolent les bifidobactéries, connues pour activer le transit et réduire les ballonnements. L’artichaut est riche en inuline (une autre fibre) et le chèvre en bactéries lactiques, à condition de ne pas le chauffer trop longtemps.

Fraises à la crème : ½ barquette de fraises avec 1 cuil. à soupe de crème fraîche épaisse.

Les fraises sont colorées par une bonne proportion de polyphénols. La crème épaisse, obtenue par fermentation avec un cocktail de ferments lactiques, favorise la diversité du microbiote, qui fait défaut en cas de constipation.

Des petites quantités de produits fermentés suffisent car ils renferment des milliards de lactobactéries. Mais, comme ils ne font que passer dans les intestins, il faut veiller à en consommer régulièrement pour profiter de leurs bienfaits.

Menu 3 : doper le moral

Salade d’endives au bleu d’Auvergne : assaisonnée d’huile de noix vierge.

L’endive compte parmi les légumes riches en inuline, carburant de choix des lactobacilles producteurs de sérotonine (neuromédiateur du bien-être). Le bleu apporte au microbiote une combinaison de bactéries lactiques et de Penicillium (champignon).

Curry de lentilles, carotte et topinambour : 5 à 6 cuil. à soupe de lentilles mijotées avec de l’oignon et de l’ail revenus dans 1 cuil. à soupe d’huile d’olive, 1 cuil. à café de curry, des tomates pelées en boîte, des carottes et des topinambours.

Les lentilles sont riches en protéines et permettent de se passer de viande. Elles boostent aussi les fibres. Ail, oignon et topinambours sont des sources d’inuline. Le curry fournit des polyphénols, les tomates et les carottes des caroténoïdes.

Mousse au chocolat noir : 30 g de chocolat noir à 70% de cacao mélangés avec 1 blanc d’œuf en neige.

Le chocolat est source de plaisir et de polyphénols spécifiques, dont se délectent les lactobacilles, les bifidobactéroes et la Feacalibacterium praussnitzii, une super-bactérie qui réduit l’inflammation cérébrale.

Menu 4 : se protéger des infections

Salade de pommes de terre aux olives noires : assaisonnée à l’huile d’olive vierge.

L’amidon (glucide) de pommes de terre cuites et refroidies n’est quasiment pas dégradé par nos enzymes digestives et ainsi assimilable à une fibre. Les olives fournissent des lactobacilles spécifiques qui boostent l’immunité.

Omelette aux pointes d’asperges : 2 œufs riches en oméga 3 (Bleu-Blanc-Cœur, Colombus ou Fermiers de Loué) et 150 g de pointes d’asperges, cuits avec 1 cuil. à soupe d’huile d’olive.

Les poules dont la ration est enrichie en graines de lin produisent des œufs contenant des oméga 3 EPA et DHA, nourriture de prédilection des bactéries qui stimulent les défenses immunitaires. Les asperges sont d’excellentes sources d’inuline.

Cake aux flocons d’avoine et abricots : préparé pour 4 pers avec 50 g de flocons d’avoine, 30 g de purée de noisette, 15 g de sucre Rapadura, 1 œuf, ½ sachet de levure et 40 g d’abricots séchés.

Flocons d’avoine, noisettes et abricots séchés sont des concentrés de fibres. Les abricots sont riches en caroténoïdes qui aident à éliminer les mauvaises bactéries du microbiote, notamment le staphylocoque doré.

On mise sur les prébiotiques et probiotiques

Plus les repas comportent de fruits et légumes (frais ou secs) et de céréales complètes, plus le microbiote est diversifié. Car les bonnes bactéries, les lactobacilles et les bifidobactéries, qui régulent le poids et ont un effet anti-inflammatoire, trouvent les prébiotiques qui les nourrissent dans les végétaux, à savoir les fibres, polyphénols et caroténoïdes (des pigments orange ou rouge). Pour optimiser l’équilibre du microbiote, on peut aussi ingérer directement des bactéries vivantes probiotiques, concentrées dans des aliments fermentés : fromages à pâte non cuite, yaourts et laits fermentés, kéfir, kombucha, miso (condiment japonais), sauce de soja, choucroute crue, olives, légumes lacto-fermentés (cornichons, pickles de carottes…) contiennent tous un cocktail de lactobacilles ou de bifidobactéries. Les compléments alimentaires, poudres ou gélules, fournissent aussi des souches sélectionnées pour les bienfaits de ces bactéries.

On réduit les viandes, sucreries et produits industriels

L’alimentation à l’occidentale, riche en viandes, graisses saturées et sucres, appauvrit le microbiote et favorise le développement de mauvaises bactéries, induisant de l’inflammation ou produisant du TMA (triméthylamine), qui est un facteur de risque des maladies cardio-vasculaires. Les aliments industriels ultra-transformés ont les mêmes effets lorsqu’ils contiennent de l’huile de palme, des sucres ajoutés ou certains additifs, comme des édulcorants (aspartame ou E 951, sucralose ou E 955, extraits de stevia ou E 960…) ou des émulsifiants (notamment polysorbate 80, E 433, ou carboxyméthylcellulose de sodium, E 466).

L’alcool et le tabac sont aussi les ennemis de la diversité microbienne. En outre, certains médicaments, antibiotiques, anti-acides contre les brûlures d’estomac ou anti-inflammatoires, déséquilibrent le microbiote, et de façon irréversible lorsqu’ils sont pris au long cours.

Les tests sont-ils utiles ?

D’un laboratoire à l’autre, les chiffres diffèrent, car les méthodes d’analyse (prélèvement et conservation des selles, extraction et séquençage de l’ADN) ne sont pas identiques. Aujourd’hui, ces résultats ne permettent pas de donner des conseils personnalisés. De plus, il reste encore beaucoup à faire, en termes de recherche, sur les souches bactériennes et leurs rôles dans l’organisme pour que ces tests soient utiles.

A savoir : le French Gut, projet porté par l’Inrae* en collaboration avec l’APHP, vise à collecter et à analyser les selles de 100.000 volontaires, afin de cartographier et de mieux comprendre les microbiotes intestinaux des Français.

* Institut national de la recherche agronomique.

L'alimentation et le sport jouent un rôle essentiel pour un microbiote en bonne santé

Comment consommer assez de fibres ?

On peut déjà suivre les recommandations : 5 fruits ou légumes (minimum 400 g), 1 poignée (20 g) de fruits à coque, noix ou amandes, et au moins 1 aliment céréalier complet par jour, ainsi que des légumes secs au moins 2 fois par semaine. Mais on atteint plus facilement les 30 g de fibres nécessaires en mangeant des produits céréaliers complets (pains à la mie foncée et dense, flocons d’avoine, farines T 110, riz brun…) à chaque repas, idéalement bio pour éviter les résidus de pesticides. On peut aussi booster l’apport en ajoutant des graines de lin, de chia ou de sésame, voire 1 cuil. à soupe de son d’avoine ou de blé dans ses plats.

Le microbiote change-t-il définitivement avec une nouvelle alimentation ?

Seulement à condition de continuer à manger sainement. Si on reprend ses mauvaises habitudes, il se déséquilibre à nouveau en moins d’une semaine.

L’activité physique a-t-elle une influence ?

Oui, les études montrent que trop peu d’activité l'appauvrit, notamment en favorisant la constipation. A l’inverse, il semble que les 150 minutes par semaine recommandées suffisent à avoir un microbiote diversifié.

Merci à Véronique Liesse, diététicienne-nutritionniste et micronutritionniste, auteure de Mon microbiote sur mesure , éd. Leduc 2023.